עפ"י ס' 17 +32 (3) לפקודה הוצ' מחקר ופיתוח לא מותרות בניכוי .
יחד עם זאת, סעיף 20א לפקודה בא לענות על בעיה זו וכן מתיר את ההוצאה בניכוי בתנאים מסוימים.
הוצ' מחקר ופיתוח כוללות : שכר החוקרים והמפתחים, הוצ' עקיפות כמו חשמל וטלפון המסייעות לחוקרים ולמפתחים וכן הוצ' ישירות.

נגדיר 2 מצבים :

מצב א' - בו החברה פנתה למדען הראשי וקיבלה אישור ניכוי הוצאות מחקר ופיתוח:
יש לעמוד ב- 5 תנאים בכדי שההוצאה תותר בניכוי :
1. הוצאת מחקר ופיתוח הינן הוצאות הקשורות לתחומי התעשייה, החקלאות, התחבורה או האנרגיה.
2.  המחקר אושר קוגניטיבית בידי הגורם המוסמך על ידי השר במשרד שבתחום פעולתו נוגע המחקר. 
3. יופחת סכום המענק מהוצאות מחקר ופיתוח המותרות בניכוי באם החברה קיבלה מענק מחקר ופיתוח.
4. הוצאות מחקר ופיתוח לא נדרשו בניכוי כהוצאות פחת( כלומר, ההוצאה לא נרשמה כהונית ונדרש עליה פחת).
5.  נישום הדורש את הוצאות מחקר ופיתוח בניכוי נמנה על אחת משלושת הקבוצות הבאות:
א. בעל מפעל שמפתח את מפעלו ע"י מחקר ופיתוח במפעל עצמו או ע"י ספק חיצוני.
ב. מבצע מחקר שאיננו בעל מפעל אך קיבל מענק/הלוואה מהמדען/ ממשלה.
ג. החברה משתתפת במימון מחקר ופיתוח של צד ג' כל עוד המדען/ממשלה תשתתף גם כן במחקר והחברה תזכה לפירות מתוצאות המחקר.

 

מועד ההכרה בהוצאה:
כל החברות שנופלות לקבוצה : א + ב – הוצ' המחקר ופיתוח שלהם יוכרו ע"ב מזומן בשנה בה שולמו ההוצאות. ( גם אם החב' מדווח ע"ב מצטבר ).
כל החברות שנופלות לקבוצה ג' – הוצ' המחקר ופיתוח שלהם יוכרו לפי:
סך ההוצ* מס' החודשים  שנותרו מחודש לאחר מועד ההוצאה ועד תום שנת המס / 12 – ויתרת ההוצאה תותר בשנה הבאה.

 

מצב ב' - בו החברה לא פנתה למדען הראשי כדי לבקש אישור ניכוי הוצ' מחקר ופיתוח :
החברה תהיה רשאית לנכות את הוצ' המחקר ופיתוח בשלושה שיעורים שנתיים שווים החל בשנת המס בה שולמו.
לדוגמה : אם חברה הוציאה ב 8/10 60,000 ש"ח – יותר לה בניכוי 20,000 ש"ח כל שנה החל מ 2010 ועד 2012 ואין זה משנה אם מדווחת ע"ב מזומן / מצטבר.